InnoDBは、並行処理のサポートに優れているので、ほとんどの場合において最良の選択肢です。
MyISAMは、利用者が1人の場合、あるいは読み込み専用でインストールする場合に、より処理が早くなるでしょう。 ただし、MyISAMのデータベースは、InnoDBより高頻度で破損する傾向があります。